Jaapanis asuva väikese küla lähedale ilmusid elavad surnud. Nad rändavad öösiti asula ümber ja röövivad inimesi. Vapper ninjasõdalane Kyoto sai keisrilt käsu zombisid hävitada. Sina mängus Ninja Versus Zombie aitad ninjat selles. Enne ekraanile ilmumist on ala, kus teie tegelane asub. Juhtnuppude abil saate juhtida ninja tegevust. Ta peab jooksma mööda maastikku edasi ja hoolikalt ringi vaatama. Teel saab ta koguda kuldmünte ja muid esemeid, mis on kõikjal laiali. Niipea, kui kohtute zombiga, ründage seda. Kasutades erinevaid ninjaarsenali relvi, hävitate mängus Ninja Versus Zombie zombisid ja saate selle eest punkte.