Kauges tulevikus on teadlased õppinud objektide vähendamist mikroskoopiliste suurustega. Täna mängus Spore Hunter otsustasid nad saata piloodi spetsiaalsesse lennukisse mikromaailma uurima. Teie kangelane peab lendama mööda kindlat marsruuti ja uurima seda maailma. Eostest koosnevad olendid ründavad meie kangelast. Sisestatud numbrid on nendes nähtavad. Need tähendavad, mitu tabamust peate olendile selle hävitamiseks tegema. Nutikalt manööverdades lasete selle oma relvast maha ja hävitate eosed.
