Uues mängus Running Ninja lähete Vana-Jaapanisse, et aidata vapral ninjasõdalasel edastada keisrile sõnum tema tellimuse meistrilt. Teie tegelane jookseb teatud marsruudil nii kiiresti kui võimalik. Teie tegelasele järgneval teel puutub kokku mitmesuguste takistuste ja lõksudega. Peate kasutama oma juhtklahve, et panna oma kangelane hüppama ja lendama kõigist neist ohtudest. Kui ta puutub kokku vaenlastega, on ta võimeline neid viskavate relvade abil hävitama.