Uues Ninja vs Ninja mängus lähete maailma, kus elavad kasti inimesed. Ninja kahe ordu vahel on sõda ja te liitute ühega neist. Teie tegelane on punase kasti mees. Ta asub ruumis, kus tema vastane on sinine. Nende vahel asuvad erinevad takistused ja püünised. Peate suunama oma tegelase läbi kõigi nende ohtude ja ründama oma vastast. Erinevate viskamisrelvade abil hävitate vaenlase ja saate selle eest punkte.
