Vapper ninjasõdalane sisenes vaenlase territooriumile. Teie kangelane peab varastama ühe aristokraadi lossist salajasi dokumente. Te peate mängus Ninja Runner aitama ninjasõda selle terviklikkusele jõudmisel. Teie kangelane jookseb mööda kindlat marsruuti mööda maanteed. See asub mitmesugustel takistustel ja tõrgetel. Peate tegema nii, et ta hüppab kõigist neist ohtudest üle. Teel proovige koguda mitmesuguseid esemeid ja kuldmünte, mis on laiali laiali.