Mängu Virus Ninja 2 teises osas aitate vapral ninjasõdalasel võidelda erinevate viirustega. Enne ekraanil kuvamist on teil mänguväljak, kus ilmuvad erinevad bakterid. Nad liiguvad eri suundades ja erineva kiirusega. Nende hävitamiseks peate kasutama mõõka. Vaadake ettevaatlikult ekraani ja juhtige hiirega objekte. Nii lööte bakterid maha ja tükeldate need tükkideks. Mõnikord võivad nende objektide hulka ilmuda pommid. Te ei tohiks neid kiikuda.