Vaadake seente kuningriiki, jälle juhtus hädaolukord - printsess Peach rööviti. Kuid seekord pole kurjal Bowseril midagi pistmist, kuna see pole üllatav. Viletsat asja tiris kuri kummitus minema ja lendas koos pantvangidega täiesti teise maailma pimeda poole, kuulumata sinna, kus elab Mario. Vapper torumees peab tungima Minecrafti maailma ja leidma röövija. Kui võõral territooriumil viibib, saab Mario nagu bloki elanikeks ja see pole üllatav, et tal pole vajadust silma paista. Aidake kangelasel Super Mario MineCraft Runneril tormata mööda pikka rada, takistades müntide kogumist.
