Naruto pole pikka aega olnud rahutu teismeline, kes ei tea oma võimeid, kuid siiski on teda keeruline targaks ninjakogemuseks nimetada. Sellegipoolest on tal meeskond ja nad on valmis võitlema tumedate jõududega õiguse eest saada suurepäraseks shinobi juhiks. Mängu etapis Ninja jooksja Runato saate aidata kangelasel lüüa järgmised vaenlased, kelle voog ei kuivaks. Vastaste arv on suur ja kangelane on paika pandud. Ta jookseb kiiresti ja sunnite teda reageerima lähenevatele takistustele, nii elavatele kui elututele.
