Ega ilmaasjata ammendas meie ninja end paljude aastate jooksul treeningutega kõrgmäestiku kloostris. Tänu neile sai temast oma äri parim, ülikiire ja ülinapp. Ja nüüd sõltub selle maailma saatus, kus ta tahab elada, tema oskustest ja võimetest. Tuumaelektrijaamas on plahvatuse oht. See asub asustatud aladest kaugel, kuid kui juhtub plahvatus, on see nii suure jõuga, et see ei tundu kellelegi. Ja kangelase kodukülast pole järele jäänud isegi peotäit tuhka. Peate mõne minutiga jaama jõudma ja reaktor välja lülitama. Seda saab ikka teha, kuid peale ninja pole kellelgi seda kiirust. Kuid ta peab jooksma, mööda minnes paljudest takistustest ja siin ei saa te ilma abita teda tasemete lõpuleviimisel enne, kui Nuclear Ninja mängus aeg otsa saab.
