Poiss nimega Jack on linnas tuntud huligaan, kes värvib pidevalt linnahoonete seinu. Kord astus ta jaama ja hakkas seal veel ühte pilti joonistama. Selle eest püüdis ta politseiniku kätte ja nüüd peab meie tüüp tema eest põgenema. Rail Runneris aitate Jacki selles seikluses. Ekraanil näete enda ees oma tegelast, kes jookseb mööda raudteed, järk-järgult kiirust suurendades. Tema teel tekivad erinevad takistused. Kui teie kangelane on ühe takistuse lähedal, peate kasutama teatud juhtnuppe. Siis hüppab su kangelane üle selle takistuse. Kui teil pole aega reageerida, põrutab ta jooksu ajal talle otsa ja saab vigastada.