Kümneaastane Ben otsustas Super Ben 10-s Super Mario külastada, kuid jäi ootamatult lõksu. Torulukksepal polnud aega külalisega kohtuda ja ta läks inertsiga spetsiaalsesse kohta, kus testiti kõiki uusi saabujaid. Mario maailm pole nii lihtne ega turvaline, kõik ei saa selles olla. Seetõttu peate testi sooritama. Need, kes sellest läbi ei lähe, naasevad koju. Ben oleks pidanud läbima testideta, kuid paraku ja nüüd peate teda aitama mängus Super Ben 10, et neist väärikalt edasi pääseda. Ülesanne on koguda kõik roheliste kübaratega seened ja alles siis ilmub väljapääs järgmisele tasandile. Super Ben 10-s on kokku kolmkümmend taset ja need muutuvad iga korraga järjest raskemaks.
