Ninjasõdalaste salajase tellimusega liitus noor Kyoto poiss. Ta saadeti mägedesse spetsiaalsesse templisse, kus asub Akadeemia, kus treenitakse kõiki algavaid sõdu. Täna on meie kangelasel treening ja aitate tal Ninja akadeemia mängus teda läbi viia. Ekraanil näete enda ees oma tegelast, kes seisab templi sisehoovis. Selle all asub spetsiaalne juhtnuppudega paneel. Tema abiga suunate oma kangelase tegevust. Tema ette ilmuvad objektid erinevatest külgedest. Kangelast juhtides peate neile käte või jalgade abil täpseid lööke tegema. Iga teie täpne tabamus toob teile teatud arvu punkte. Pärast löökide harjutamist liigute edasi erinevate tehnikate väljatöötamisele.
