Kyoto nimeline julge ninjasõdalane liitus oma riigi salajaoskonnaga. Tema ülesandeks on maffia ülemuste kõrvaldamine. Täna aitate mängus Stealth Master 3D tal erinevaid ülesandeid täita. Ekraanil näete enda ees oma tegelast, kes viibib hoone toas relv käes. Relvastatud valvurid käivad mööda põrandat. Oma tegelase toimingute juhtimiseks kasutate juhtnuppe. Peate veenduma, et ta hiilis vargsi vaenlase juurde ja pussitas siis mõõgaga. Seega tapad vaenlase ja saad selle eest punkte. Teie ülesanne on sel viisil kogu korrus valvuritest puhastada ja ülemus tappa.