Kyoto-nimeline vapper samurai elab pikselimaailmas. Täna peab meie kangelane reisima oma riigi kaugematesse piirkondadesse ja võitlema seal erinevate kurjategijatega. Teie selles mängus Pixel Samurai aitate teda. Teie samurai on nähtav teie ees oleval ekraanil, mis asub teatud piirkonnas. Juhtnuppe kasutades panete ta jooksma. Vaadake hoolikalt ekraani. Teie kangelase teele ilmuvad mitmesugused takistused ja augud maasse. Kui teie tegelane on sellest ohtlikust piirkonnast teatud kaugusel, peate teda hüppama panema. Seega teie kangelane lendab selle ohu kaudu õhku ja saab oma teed jätkata.
