Ninjakuningriik on taas rahutu – koopasse on ärganud iidne kurjus ja selle mõju on levinud ka kuningriigi elanikeni. Põllukultuurid kuivavad, inimesed ja loomad haigestuvad ning see vähendab riigikassat. Mängus Kingdom of Ninja 2 läheb ninjakuningas taas maa-alustesse templitesse, et vabastada nad kurjast olenditest. Lisaks kaasneb iga teispoolsuse olendite ilmumisega ka kullaga kastide liikumine labürintidesse. See on kummaline nähtus, kuid on täheldatud, et kui kõik aarded on kadunud, lahustuvad koletised. See on väga õnnelik kokkusattumus, sest nii saab kuningas riigikassat täiendada ja oma osariigi elanikke toetada. Lähete temaga maa alla ja aitate tal läbida kõik testid. Teda ootab palju lõkse, mis ilmuvad polüst ja laest. Mõned liiguvad mööda koridore ja nendega kokkupõrgete vältimiseks peate osavalt manööverdama. Olles kohtunud koletistega, ärge püüdke neid lahingusse kaasata, kuna teie kangelane on relvastamata, siis on parem, kui hiilite neist märkamatult mööda või hüppate lihtsalt üle ja jätkake oma teed mängus Kingdom of Ninja 2. Koguge iga münt ja siis on koopas taas ohutu.
