Kogu maailma rändav eri värvi kuubikute rühm langes lõksu. Kangelased sattusid koopasse ja mängus Zero Squares peate aitama neil sellest välja tulla. Enne ekraanile jõudmist näete ruumi, kus teie kuup asub. Selle toimingute juhtimiseks saate kasutada juhtklahve. Kusagil ruumis näete portaali, mis viib mängu järgmisele tasemele. Peate kuubi mööda teatud marsruuti viima ja tegema selle nii, et see satuks portaali. Teie teel võib esineda takistusi, mida teie tegelane peab vältima.