Kõik muutub aja jooksul ja ka Mario maailm on muutunud. Kui varem olid kõik vaenlased teada ja neid polnud nii palju, siis nüüd on nad muutunud peidetud ja ohtlikumaks. Super Mario vs maffias peab meie vapper torulukksepp silmitsi seisma suure maffiagrupiga. Väliselt on need soliidsed mehed mustades ülikondades, kuid tegelikult on nad tõelised bandiidid, pealegi julmad ja halastamatud. Aita kangelasel toime tulla kõigi kurjategijatega. Tõenäoliselt näete kangelase käes esimest korda võimsat väikerelvade relva. Laskemoona varu igal tasandil muutub sõltuvalt olukorrast, kuid seda jääb alati vähem kui vaja. Seetõttu peab iga löök jõudma sihtmärgini. Ühe kuuliga võib kangelane hävitada mitu bandiiti korraga, kui nad on samal sõidurajal või Super Mario vs maffia rikošeti abil.
