Seenekuningriik on kannatanud tulnukate sissetungi all. Võõrrobotid kõnnivad mööda platvorme ja tänavaid, ähvardades kõiki elanikke oma raudküüstega. Mario on ainuke, kes suudab agressorile vastu panna, ta on juba seeni söönud, saanud suureks Super Marioks, relvastanud end haamri ja kividega ning on võitlusvalmis. Aidake kangelast, ta liigub üsna kiiresti ja vajutades paremas alanurgas valitud nuppe, pange ta kas kive viskama või lööma haamriga vaenlase pead. Suuremate robotite pihta on parem kividega loopida. Ja väikestele piisab Super Mario Runis tugevast löögist pähe.