Salaagent, koodnimega # 46, peab täna täitma mitmeid missioone üle maailma. Sina mängus Super Spy Agent 46 aitad teda selles. Valides missiooni, satute kindlasse piirkonda. Juhtklahve kasutades paned oma kangelase edasi liikuma. Vaata hoolega ringi. Niipea kui märkate vaenlast, suunake oma relv tema poole ja püüdke ta sihikusse. Kui olete valmis, avage tapmiseks tuli. Täpselt tulistades tapate vaenlasi. Selle eest antakse teile punkte. Pärast vaenlase surma võivad temast trofeed välja kukkuda. Peate need esemed kokku koguma. Need aitavad teie kangelasel ellu jääda ja võita edasisi lahinguid.