Vesi või mis tahes muu vedelik, järgides gravitatsiooniseadusi, voolab alla, kui see leiab endale väljapääsu, isegi väikese prao. Water Flow 3D-s peate laskma sellel vabalt voolata, et täita põhjas asuvaid ruudukujulisi anumaid. Mahutite arv on erinev, kuid pidage meeles, et neisse saate valada ainult vastavat värvi vedelikku. Selleks avage aknaluugid õiges järjekorras. Mõnikord tuleb Water Flow 3D-s vedelikke segada ja klaasist vaheseinad raskete kuulidega purustada. Tasemeid on palju ja need on ülesannete seadmisel mitmekesised.