Kauges tulevikus käib suurkorporatsioonide vahel kosmosesõda äsjaavastatud planeetidelt leitud ressursside pärast. Mängus Super Zaxxon osalete hävitaja piloodina nendes lahingutes ühe ettevõtte poolel. Oma laeval peate vaenlase objektide hävitamiseks täitma rea missioone. Enne kui olete ekraanil, näete baasi, mida peate ründama. Teid tulistatakse maapealsetest relvadest, samuti ründavad teid õhus vaenlase laevad. Laeval osavalt manööverdades peate selle löögi alt välja võtma ja vastuseks ründama. Relvadest täpselt tulistades tulistate alla vaenlase laevu ja hävitate erinevaid maapealseid sihtmärke.