Meie kõigi poolt armastatud torumees Mario hakkas huvi tundma sellise tänavaspordiala vastu nagu parkour. Meie kangelane otsustas end sellel spordialal treenida linnahoonete katustel. Sina Super Mario City Run'is liitute temaga selles treeningus. Ekraanil näed enda ees Mariot maja katusel seismas. Teie juhendamisel jookseb ta edasi, suurendades järk-järgult kiirust. Vaadake hoolikalt ekraani. Teie kangelase teel tuleb ette rikkeid, mis eraldavad hoonete katuseid. Kui ta teatud vahemaa tagant ühele neist vastu jookseb, peate ta hüppama panema. Seega hüppab teie kangelane sellest ohust üle. Samuti tekivad Mario ette takistused. Mõnel neist saab ta jooksu pealt ronida, teiste alla, vastupidi, peab ta põhja all selili sõitma. Teel peab Mario korjama mitmesuguseid esemeid, mis toovad teile punkte ja võivad anda kangelasele mitmesuguseid boonuseid.
