Mängu Sonic Advance 3 kolmandas osas aitate jätkuvalt vapral Sonicul ja tema sõpradel võidelda hullumeelse Dr. Evili vastu. Hull tahab ehitada terve linna, kus ta kasvatab koletisi. Selleks vajab ta kaose kive. Sonic peab need kõigepealt üles leidma. Enne teid ekraanil näete teie tegelane ja tema kaaslane. Juhtnuppude abil saate juhtida mõlema kangelase tegevust korraga. Peate panema nad asukohas ringi liikuma ja kõike hoolikalt kontrollima. Otsige kõikjale laiali kive ja esemeid ning koguge need kokku. Oma teel kohtate takistusi ja lõkse, millest teie kangelased peavad üle hüppama. Kui nad kohtuvad koletistega, saavad tegelased neist mööda minna või hävitada, liitudes lahinguga. Vastaste tapmise eest antakse teile punkte mängus Sonic Advance 3.
