Kõrgel mägedes asuva ninjatempli lähedal maandus tulnukate laev. See on robotite rass, mis tahab meie maailma orjastada. Ordupealik saatis ühe ninjasõdalastest luurele. Olete mängus Ninja vs. Robotid aitavad kangelast selles seikluses. Enne kui olete ekraanil nähtav teatud alale, kus teie tegelane asub. Juhtklahvide abil sunnite teda edasi liikuma. Vaadake hoolikalt ringi. Niipea, kui märkad robotit, proovi talle märkamatult ligi hiilida ja rünnata. Oma relvaga tekitate robotile kahju, kuni selle hävitate. Roboti tapmise eest antakse teile punkte ja jätkate oma ülesande täitmist.