Kyoto vapper ninja peab oma orduülema juhiste järgi minema pimedatele maadele ja leidma sealt iidseid esemeid. Mängus Ninja vs Zombies liitute temaga selles seikluses. Teie kangelane peab läbima palju kohti ja ületama mitmesuguseid ohte. Zombide hordid rändavad kohtades, millega teie kangelane peab võitlema. Nendega lahingusse astudes kasutab kangelane erinevaid relvi. Elavaid surnuid hävitades teenite punkte ja võite koguda ka nendest välja kukkuvaid trofeesid. Saadud punktidega saad mängupoest oma tegelasele erinevaid relvi ja laskemoona osta.
