Ühe maaelanike kolooniasse kaugel planeedil on vallutanud erinevat tüüpi kosmosekahjurid. Mängus Space Pest Annihilation peate aitama oma tegelaskujul kõik kahjurid hävitada. Ekraanil näed enda ees oma tegelast skafandrisse riietatuna. Ta viibib kindlas piirkonnas, relvad käes. Temast kaugel näete erinevat värvi usse. Peate oma relva neile suunama ja sihtima. Vasakul asuva spetsiaalse skaala abil peate arvutama oma löögi võimsuse ja kui olete valmis, siis selle sooritama. Kui võtate kõiki parameetreid õigesti arvesse, tabab relva laeng usse ja hävitab need. Selle eest antakse teile mängus Space Pest Annihilation teatud arv punkte ja te liigute mängu järgmisele tasemele.
