Vapper ninja nimega Kyoto peab ronima kõrge hoone katusele. Mängus Ninja Up aitate tegelast selles seikluses. Teie ees on ekraanil näha teie maas seisev ninja. Signaali peale hakkab teie tegelane hüppama teatud kõrgusele. Peate hiirega ninja alla joone tõmbama. Niipea, kui selle joonistate, ilmub spetsiaalne kumminöör. Teie kangelane, olles sellele kukkunud, teeb hüppe ja lendab üles. Nii et tõmmates mängus Ninja Up need köied, aitate kangelasel järk-järgult hoone katusele ronida. Samal ajal peate aitama ninjal koguda esemeid, mis mänguväljakul erinevates kohtades õhus rippuvad. Mängus valitud Ninja Up annab teile punkte.