Mängus Ben 10: Brains vs Bugs peate aitama naljakal rohelist tulnukat oma röövitud sõbrad vabastada. Teie ees on ekraanil nähtav teie tegelane, mis asub kindlas kohas. Juhtnuppe kasutades saate tema tegevust juhtida. Teie kangelane peab kõndima mööda teatud marsruuti, ületades mitmesuguseid lõkse ja muid ohte. Teel kogub ta kuldmünte ja muid kasulikke esemeid, mis toovad teile punkte mängus Ben 10: Brains vs Bugs ja võivad anda tegelasele mitmesuguseid boonuseid. Samuti peab teie tegelane võitlema putukatega, mis tema teel kokku puutuvad.
