Apokalüpsis võib juhtuda erinevatel põhjustel, mängus Apocalypse Run aitad kangelast, kes oli masinate ülestõusu tagajärjel tekkinud apokalüpsise keskmes. Tehisintellekt, mille ilmumist nii oodati ja selle kiire arengu pärast nii imetleti, otsustas, et nüüd ei vaja ta inimesi. Pealegi on nad isegi kahjulikud, sest teevad kõike valesti, käituvad sageli ebaratsionaalselt, hävitavad keskkonda ja tapavad omasuguseid. Masina peas on kujunenud tugev usk, et inimene on planeedi peamine kurjus ja ta tuleb hävitada. Nii algas inimkonna süstemaatiline hävitamine ja Apokalüpsise jooksu kangelane tahab seda vältida ja teie aitate tal robotitega võidelda.
