Printsess Peach on taas röövitud, Bowser ei saa rahuneda ja on aeg pensionile minna, kuid siiski, andke talle kaunitar. Mariol on vaja teele asuda ja ta pole ka esimene värskus. Esimest korda kahtles torumees oma võimetes ja otsustas Sonicu appi kutsuda, teades, kuidas ta suudab kiiresti joosta ja kõrgele hüpata. Vahepeal, kuni Sonic saabub, saate Mariot juhtida ja aidata tal münte koguda ja Bowseri käsilaste kallale hüpata. Seejärel saate lülituda Sonicule, kuid ta peab koguma sõrmuseid, kuid mõlemal kangelasel on sama eesmärk - päästa Super Mario ja Sonicu printsess.
