Matrixis loodi mitu prototüüpi ja üks neist, number 09435, osutus kõige edukamaks. See on digipoiss, kes hakkas hämmastavalt kiiresti arenema ja peagi tahtis ta välismaailmaga tutvuda. Ta leidis võimaluse maatriksist lahkumiseks ja läks teele Prototype Guy juurde. Loojad otsustasid kutti mitte segada, nad paluvad teil aidata tal kohaneda, ületades takistused. On vaja hüpata üle teravate naelu ja kandiliste robotite. Muide, roboteid saab hävitada neile otse peale hüpates. Kui takistust ei ületata, alustab kangelane Prototype Guys uuesti otsast peale.
