Hiiglaslik asteroid lendab suure kiirusega planeedi poole, kus mängus Save The Cute Aliens elavad värvilised armsad humanoidid. Midagi ei saa teha, ta ilmus ootamatult ja läheneb liiga kiiresti. Jääb üle vaid üks asi - evakueerida võimalikult palju planeedi elanikke, et põgeneda ja seejärel leida uus elukoht. Pärast kokkupõrget asteroidiga muutub planeet tolmuks ja kellelgi pole võimalust ellu jääda. Vasakul näete spetsiaalseid kosmosegondleid, millesse peate reisijaid laadima. Need peavad vastama laeva värvile. Tulnukate pealevõtmiseks peate mängus Save The Cute Aliens moodustama neist kolme või enama sama värvi rühma.
