Iidsetel aegadel ei olnud inimestel ühte jumalat, nad uskusid erinevatesse jumalatesse, kellest igaüks vastutas oma suuna eest. Pyramid Puzzle mängu sündmused leiavad aset Vana-Egiptuses legendaarse kuninganna Cleopatra ajal. Ta soovib teada saada, kuidas hiljuti surnud vaaraol olid erilised võimed ja kas suur jumal Ra oli sellega seotud. Kuninganna saadab oma truu neiu Hanna vaarao saladusi avastama, kuid selleks peab ta tungima püramiidi sisse ja külastama isegi salaruume, mille sissepääs on kõrvalistele isikutele suletud. Aidake tüdrukul ülesanne täita. Kuninganna ootab tulemusi ja on õnnetu, kui neid püramiidmõistatuses pole.
