Mängu Pandemic 2 teises osas jätkate oma missiooni hävitada kogu inimkond surmava pandeemiana. Mäng algab sellega, et valite haiguse tüübi: viirus, bakter või parasiit. Seejärel valite infektsiooni alguspunkti. Sealt edasi peate levitama oma haigust mujale maailma. Üle maailma levides saate oma haigust parandada ja muuta see nii, et inimesed ei kannataks selle all. Muutke oma viirust pidevalt nii, et inimkond ei saaks selle vastu ravi leida. Nii hävitate mängus Pandemic 2 järk-järgult kogu planeedi elanikkonna
