Sonicul on võimalus oma vana vaenlase Knucklesiga hakkama saada. Sinisiil sai ootamatu info vastase asukoha kohta ja kavatseb sinna minna. Koos sõbra ja abilise Tailsiga lähevad kangelased saarele lennukiga. Pärast maandumist kohtuvad nad Knucklesiga, kuid ta kaob kiiresti. Peate aitama Sonicul ja tema sõbral kurikaela jälitada. Ta pani saarele palju püüniseid, et keegi ei saaks talle järele jõuda, kuid Sonicut ei saa peatada ja te kontrollite rangelt kangelase liikumist, vältides tal sattumast teravatesse naelu. Koguge sõrmuseid, need on Sonic 3 & Knucklesi kangelasele alati kasulikud.
