Ninja pühendab treeningule iga päev mitu tundi ja see on vajalik selleks, et mitte kaotada kuju ega kaotada kriitilisel hetkel nägu. Mängu Jungle Runner kangelane on osav ja kogenud sõdalane, kuid tema treeningud teda enam ei rahulda, see tuleb talle liiga kergelt kätte, mis tähendab, et ta ei arene. Seetõttu otsustas kangelane minna džunglisse ja teha vertikaalse jooksu läbi puude. Kangelane tormab ülespoole hämmastava kiirusega ja teie ülesanne on tagada, et ta ei põrkaks kokku millegagi ega kellegagi. Selgub, et meie ninja pole džunglis üksi, lisaks üritavad Jungle Runneri mutantmesilased teda peatada.
