Ämblikmehe supervõimetega mees läks välisluureteenistusse ja temast sai eriagent nagu James Bond. Kuid ta ei vaja relva, ta tuleb oma vaenlastega toime. Mis vabastab võrgu vöörist ja mässib sellega vaenlase, muutes ta täielikult liikumatuks. Mängus Mutant Assassin 3D aitate kangelasel ülesandeid täita, kõrvaldades soovimatud vaenlase agendid. Hävitusmehhanism on lihtne: sihite rohelise ringi järgmise punase kaabaka poole ja vabastate võrgu. See keerleb ümber keha ja vaenlane saab lüüa. Samamoodi tuleb koguda hunnikuid raha, neid tuleb koguda selleks, et Mutant Assassin 3D-s tase läbida.
