Jaapani maffia kannab nime Yakuza ja see on väga tõsine kuritegelik organisatsioon, mis tegutseb väljaspool seadust oma reeglite järgi. Kui tal on midagi vaja, võtab ta selle, olenemata nende inimeste elust ja vajadustest, kes nende teel seisavad. Samurai vs Yakuza tutvustab teile samuraid, kes soovib oma küla päästa. Bandiitidele meeldis ta tema territooriumil asuva iidse templi tõttu. Selles templis on mitu väärtuslikku kujukest, mida Yakuza pea tahtis omada. Meie kangelane seisis terve maffiaarmee teel ja tõrjub teie abiga mustas rüüs röövlite rünnaku mängus Samurai vs Yakuza.
