Ninjad ilmusid keskaegses Jaapanis ja tegutsesid spioonide, skautide ja luure-saboteerijatena. Nad kandsid tumedaid riideid, katsid oma nägu ja tegutsesid enamasti öösel, liikudes vaikselt ja täites määratud ülesandeid. Kõik ninjad valdasid ninjutsu kunsti. Põhimõtteliselt on ninjad teatud tüüpi sõdalased, mida kasutatakse erioperatsioonidel, nagu Jaapani eriväed. Mängu Ninja Speed Runner kangelasele on usaldatud ka salajane missioon, nii et ta liigub kiiresti. Shurikenid lendavad tema poole, kust ta peab kõrvale põiklema ja sina aitad teda selles, sundides kangelast hüppama või mängus Ninja Speed Runner hüppama.
