Mängu Counter-Strike: Reboot kangelane peab teie abiga osalema kaheteistkümnel missioonil. Kuna sisu hoitakse rangelt salajas, avalikustatakse eesmärgid eelmise ülesande täitmisel. Esimest nimetatakse Alfaks ja teie ülesanne on tõrjuda terroristide rünnak, kes soovivad teie baasi vallutada. Teistel missioonidel peate täitma muid ülesandeid, nagu pantvangide vabastamine, terroristide baaside hävitamine, miinide puhastamine jne. Kõik missioonid on ajaliselt piiratud, Counter-Strike: Rebootis tuleb probleemid kiiresti ja tõhusalt lahendada.
