Seenekuningriigi elu segab taaskord printsess Peachi röövimine. Bowser ei suuda maha rahuneda ega suuda välja mõelda midagi uut peale printsessi röövimise. Super Mario Flashi Mario läheb tüdruku päästmiseks teekonnale, see pole tema jaoks esimene kord ja teil on põhjust taas lõbusas seikluses osalejaks saada. Juhendage Mariot üle platvormide, hüpates kurjadele seentele ja kilpkonnadele. Leidke suur maagiline kärbseseen, mis muudab torumehe Super Marioks. Lisaks võib platvormidelt leida maagilise lille, mis tugevdab ka kangelast ja annab talle jõudu Super Mario Flashis.
