Iidsetel aegadel oli Jaapani keiserite teenistuses ninja järjekord. Need salapärased sõjad olid sel ajal parimad luureoskused ja kõik olid võitluskunstnikud. Täna mängime Ninja Run'is, me aitame teil üks selline sõda, et tungida vaenlase territooriumile. Meie kangelane kulgeb mööda teed, mis on täidetud erinevate lõksude ja muude ohtudega. Te saate enamik neist hüpata üle kiirusega ja käia. Kui sa kohtad vaenlase sõduritega, proovige neid hävitada. Ka teedel koguvad kohapeal erinevad asjad. Nad annavad sulle punkte ja muud kena boonuseid.
