Kauges maailmas, kus kõik koosneb plokkidest, elab arheoloog Tom, kes uurib oma tsivilisatsiooni ajalugu. Kui ta leidis kaardi, mis tõi temale templi. Uurides seda, meie kangelane kogemata aktiveerib püünised ja vabastab zombie sõdurid, kes valvavad templi. Nüüd mängus Blocky Runner peab ta oma tegude eest varjama. Hoonest välja hüppeliselt liigub meie tegelane täiskiirusel sellelt maalt eemale. Teel tekib erinevaid takistusi. Kangelase liikumise kontrollimine võib kas hüpata üle nende või käia koos poolega. Sellisel juhul peab meie kangelane koguma nii palju kuldmünte, mis on oma jooksu marsruudil hajutatud.