Ben on kasutanud omnitrikit pikka aega, taaskasutades turvaliselt teistest planeetidest pärit olenditesse. See aitas tal võidelda kosmosest tekkivate ähvardavate ohtudega, välismaalased, kes tahtsid maavägede orjastada. Kuid viimasel ajal hakkas kella ebaõnnestuma, seade põhineb DNA segamisel ja nüüd on selle töö katkenud. See on ilmselt mõni tundmatu viirus. Kuigi kangelane seda lahendab, läheb palju aega ja vaenlane on juba lävel, peate võitlema. Sa pead lülituma käsitsi režiimile ja sa aitad kangelas mängus Ben 10 Omnitrix Glitch. Selleks tuleb pärast molekulide segamist korrigeerida tulemus ja seejärel minna vaenlase puruks.