Vana-Jaapan, seal olid spetsiaalsed templid, kus nad valmistasid selliseid sõdu nagu ninjad. Mängus Ninja Runs 3d lähete ühe juurde neist ja aitate ühel ninjal läbida mitmesuguseid koolitusi. Täna peab teie kangelane joosta koos teiste ninameestega spetsiaalselt ehitatud takistusterajal ja jõudma esimesena finišisse. Sa haldad tema tegevust. Peate hüppama paljudest takistustest, ronima mitmesugustest takistustest ja tegema veel palju toiminguid, mis aitavad teie ninjal konkursi võita.
