Draakonid, nagu kõik lendavad olendid, ei sünni kõigi lendamiseks vajalike oskustega. Nad peavad õppima ja reeglina annavad eeskujuks vanemad või keegi vanematest. Kuid meie kangelase draakonil mängus Flappy Dragon polnud õnne. Nad kaotasid ta ammu enne sündi, muna kukkus pesast välja ja laps sündis, teadmata, kes ta ema ja isa on. Vaatamata karmidele tingimustele õnnestus tal ellu jääda ja kuna kangelane oli lindude poole vaadates väga võimekas, hakkas ta oma tiibu proovima. Kui tal õnnestus õhku tõusta, otsustas draakon leida oma vanemad ja saate aidata tal takistustest mööda lennates kaugele jõuda.