Kauges imelises maailmas elavad sellised olendid nagu Pokemon. Nad on jagatud rühmadesse, mis kummardavad loodusvaime. Kord viisid tule ja vee vaimude kummardajad läbi rituaali ja kutsusid need jumalikud üksused siia maailma. Kuid nad osutusid väga kurjadeks vaimudeks ja läksid kontrolli alt välja. Nüüd on kogu planeet kaoses ja loodusõnnetusi toimub pidevalt. Sa pead mängus Pokemon Emerald Version nendega võitlema. Ekraanil näete enda ees teatud ala, kus asuvad teie tähemärgid. Nad ründavad näiteks tule vaimu. Suunate nende tegevust spetsiaalse juhtpaneeli abil. Selle abiga sunnite oma Pokemonit rakendama erinevaid võluvõtteid, millega nad vastast kahjustavad.
