Mängumaailmas läks kõik pea peale. Kunagises rahumeelses seeneriigis, kus oli alati rahulik ja nalja said mängida vaid seened või kilpkonnad, hakkasid ilmnema tõeliselt ohtlikud vaenlased - need on zombid. See ei olnud esimene kord, kui Mario pidi sissetungile vastu astumiseks võtma võimsa relva, vastasel juhul saab maailm otsa. Mängus Super Mario Shooting Zombie saate aidata kangelasel kummitusi välja lüüa kohtadest, kus nad peitsid end peita kuni paremate aegadeni. Peate hankima Undead igalt poolt, kasutades kõiki käepäraseid esemeid, aga ka rikošeti Super Mario Shooting Zombie'is.