Ninja otsustas jalgu sirutada ja mööda linna münte kogudes ringi joosta. Mängus Ninja Runner kohtute kangelasega ja aitate tal korraldada linnaparkuuri. Kangelase jaoks pole ületamatuid kõrgusi, võite tüübil mitu korda klõpsata ja ta hüppab ükskõik millisesse tippu: platvormile, torni ja teise tippu. Pärast taseme läbimist saate liikuda teisele, kuid olge ettevaatlik, uutel tasemetel on täiendavaid takistusi teravate naelu kujul, millele te ei pea hüppama, et mitte kaotada elusüdameid. Teravaid takistusi on üha rohkem, mis tähendab, et peate olema väga kiire ja väle, et päästa ninjad Ninja Runneris elu kaotamast.
