Veealuses kuningriigis ilmusid mitmevärvilised pallid, mille saatis kuri nõid. Need pallid on neetud ja ohustavad veealuse maailma elanikke. Mängus Cute Bubble Shooter peate need kõik hävitama. Teie käsutuses on spetsiaalne kahur, mis tulistab üksikuid erinevat värvi kuule. Peate kõike hoolikalt uurima. Niipea, kui südamik teie kahurisse ilmub, peate leidma täpselt sama värvi pallide klastri. Kui olete valmis, tehke lask. Teie laeng langeb täpselt sama värvi pallide klastrisse ja hävitab need. Selle eest antakse teile punkte mängus Cute Bubble Shooter.